自远古以来，名为“污秽”的异界怪物便不断侵袭人间，打破世间的安宁。为了守护人类，一群被称为“阴阳师”的勇士挺身而出，以智慧与勇气长年与污秽展开激战。国中生少年焰魔堂辘轳（花江夏树 配音）曾立志成为史上最强阴阳师，却因遭遇了“雏月之悲剧”的污秽屠杀事件而失去了一切，灾难的不可逆转让他心灰意冷，自此放弃理想，沦为一个毫无干劲的普通人。某日，一位来自京都的名门阴阳师少女化野红绪（潘惠美 配音）闯入了辘轳的生活，两人在误打误撞中开始了水火不容的同居岁月。红绪以祓除所有污秽为坚定信念，她的决心与惊人的实力逐渐感化了辘轳，让他重新燃起热血，看到了希望的曙光。根据阴阳师总会的占卜，辘轳与红绪正是千百年来众所期盼的“双星之阴阳师”，两人被赋予了结为夫妻、生下终结人魔之争的最强“神子”的命运。起初对这命运百般抗拒的两人，在联手与污秽及其他阴阳师的连番战斗中不断成长，羁绊也愈发深厚。然而，前路并非坦途。辘轳震惊地发现，红绪的哥哥石镜悠斗（村濑步 配音）竟是当年造成雏月悲剧、将辘轳朋友变为污秽的罪魁祸首。实力强大的悠斗甚至不惜使用禁术“污秽堕落”，成为了他们必须面对的最强宿敌。在经历了一系列血与火的洗礼后，辘轳与红绪终于坦然接受命运，为了保护人类与祓除污秽，携手迎战最终的决战。