《竖笛与双肩书包》是一部充满奇思妙想与欢乐日常的喜剧动画。宫川敦志（置鲇龙太郎 配音）与宫川敦美（钉宫理惠 配音）是一对情同手足的姐弟，两人之间的感情十分深厚。然而，这对姐弟却有着令人啼笑皆非的“反差”体型：敦志仅仅是一名小学五年级的学生，却拥有着一米八零的高大身材，外表看起来比实际年龄稳健成熟得多；而已经升入高中二年级的姐姐敦美，却是一个身高仅有了一米三七的娇小萌妹子。走在外面，敦志与敦美常常因为极其悬殊的身高差被误认错身份，两人奇特的样貌与体型闹出了不少令人捧腹的笑话。但实际上，在这段关系里，总是娇小的姐姐敦美在保护和照顾着高大的弟弟敦志。围绕在这对奇特姐弟身边的，还有一群性格各异的朋友：将敦志误认为是高中生而暗恋着他的沙夜（平野绫 配音）、天真单纯的班主任盛山二见（田宫智惠 配音），以及敦志暗恋着的同班同学小雏（内田彩 配音）。正是这些善良的朋友们在敦志与敦美的日常生活中添砖加瓦，总能在他们最需要帮助的时候伸出援手，共同编织出一段温馨搞笑的青春故事。