《青天衙门Ⅱ》由《将军之爱》、《望子成龙》、《审妻记》、《花轿奇谋》四个单元案件交织而成。在一个旱雷闷响的暗夜，顺天府衙门外传来阵阵凄厉的鸣冤鼓声。一名泪水纵横、泣不成声的书童手持鼓棒，拼死击鼓喊冤。时任顺天府尹的谭振英闻讯，立刻率人出门查探，并连夜升堂审问缘由。书童方庆被提至公堂之上，悲愤泣诉了少爷方之栋与余清莲的凄惨遭遇。两人本是一对青梅竹马的恋人，奈何造化弄人，清莲迫于生计流落风尘，沦为暖香居的卖艺女子。方之栋情深意重，为给清莲赎身，长年于街头苦卖字画攒钱。皇天不负有心人，之栋不仅送上金钗作为定情信物，更将辛苦积攒的五百两银子交予老鸨，终为清莲赎得自由身。本应是有情人终成眷属的圆满结局，天意却不随人愿。就在之栋与清莲的新婚大喜之日，早已对清莲垂涎已久的富察家公子富察家康，竟带领家丁强行闯入方府。他们大肆捣毁礼堂，将上前理论的书童方庆打昏，又将阻拦斥责的方之栋毒打一顿，随后当众强行奸辱了余清莲，扬长而去。清莲惨遭凌辱，自感玷污了方家门风，在极度绝望与含屈中割腕自尽。之栋目睹清莲血流满地，悲痛欲绝，亦殉情随清莲而去。惨剧发生后，方家二老欲状告富察家康，却因当地县令畏惧九门提督的权势，不但拒不受理此案，反而屈打方家二老。二老深感控诉无门，为防止顺天府尹与县令官官相护、包庇富察家康，两人最终决意以死相谏，唯愿用性命撞响鸣冤的登闻鼓，将这滔天冤情大白于天下……