故事主要讲述了热爱魔术的高中生黑羽快斗的传奇经历。某日，他在自己房间内一道隐藏的门后意外发现了一间密室，里面竟藏着世界闻名的大盗——“怪盗基德”的专属服装。身着基德服装的快斗，随后遇见了父亲（世界知名魔术家黑羽盗一）曾经的助手寺井黄之助。从寺井口中，快斗得知了一个震撼的真相：自己的父亲正是初代怪盗基德，且他并非死于意外，而是惨遭他人暗杀。为了追查杀害父亲的真凶，快斗毅然决定继承衣钵，以第二代怪盗基德的身份展开调查。就在他以怪盗基德身份活动的某日，快斗与一个神秘组织狭路相逢，对方竟称呼他为“黑羽盗一”。快斗随即意识到，该组织正是他的杀父仇人。随着真相的面纱被层层揭开，一场充满魔术、悬疑与智斗的冒险故事，也就此正式拉开帷幕。
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