故事发生在距现在并不遥远的未来，表面的平静之下，世界各地不断有异生兽作乱的报告。为了暗中解决这一巨大威胁，世界性防卫组织TLT应运而生，其日本支部TLT-J下属的精锐部队——夜袭队（Night Raider），肩负着秘密消灭异生兽的重任，是整个防卫体系的中坚力量。然而，面对经过进化、突然出现在拥有骄人战绩的夜袭队面前的新型异生兽，即便是这支全副武装的特种部队也陷入了苦战。在这人类束手无策的绝境之际，光之巨人奈克瑟斯奥特曼与其适能者——姫矢准（桐岛优介 饰）登场了。奈克瑟斯奥特曼利用相位的褶曲制造出属于自己的特殊战斗空间“美塔领域”，在巨大化后将异生兽拉入其中展开激烈的殊死搏斗。与此同时，TLT的特殊飞行器合体后亦可进入该空间，与奈克瑟斯并肩作战。孤门一辉（川久保拓司 饰）是TLT新近入伍的成员，他与和仓队长及其他队员一起处理着繁忙的任务。自从偶然目睹了奈克瑟斯奥特曼强大的力量并遇到姬矢准后，孤门一辉开始对自己的任务及周围的环境产生了深深的疑问。这个神秘的组织究竟隐藏着怎样的秘密？队员们的过去又是如何的？奈克瑟斯与异生兽的原形到底是什么？在一步步揭开谜底的过程中，孤门与姬矢准建立起了深厚的友谊，同时也逐渐触碰到了光之巨人背负的沉重宿命与神秘过往。