故事发生在二十一世纪末的日本，彼时魔法早已不再是仅存于神话与传说中的虚幻存在。随着现代科学的飞速发展，魔法与超能力相融合，化身为一种系统化的现代技术体系。在这个魔法师实力直接与国家实力挂钩的时代，国立魔法大学附属第一高中——通称“魔法科高中”，肩负起了专门培养顶尖魔法人才、为国家效力的重任。 西历2095年的春天，又是一年新生入学季。这所精英云集的魔法科高中，有着严格的等级划分：成绩优异的“一科生”被冠以“花冠”之美誉，而作为替补的“二科生”则被戏称为“杂草”。就在这样的背景下，一对兄妹踏入了这间学校的大门。妹妹司波深雪（早见沙织 配音）是一位完美无缺的优等生，不仅实力出众，更是备受瞩目的“花冠”；而兄长司波达也（中村悠一 配音）却因看似存在缺陷而被归为“杂草”般的劣等生。无论面对何事都抱有乐观态度的兄长达也，与对他抱有超越血亲情感的妹妹深雪，两人的入学注定将打破校园的宁静。 在充满奇幻色彩的学园生活中，这对兄妹结识了一众性格迥异却同样有趣的同伴：个性大大咧咧、不拘小节的千叶艾丽卡（内山夕实 配音），文静胆小却心思细腻的柴田美月（佐藤聪美 配音），正直勇敢的西城雷欧哈鲁特（寺岛拓笃 配音），以及认真努力的吉田干比古（田丸笃志 配音）。 随着学习与校园生活的深入，这群少年的命运开始交织。而在这看似平稳的精英学院之中，那些被精心隐藏的秘密与暗流，也在逐渐向他们揭开帷幕……