在自己的阳台栏杆上，竟然悬挂着一位宛如被单般随风飘摇的少女——这种打破常理的非现实情节，就这样毫无预兆地闯入了上条当麻的日常。在这座以最先进科学为引导的“学园都市”中，超能力早已能通过科学技术被系统性地开发出来。然而，眼前这位身披纯白修道服、自称“茵蒂克丝”的少女，还是让上条当麻惊诧不已。身为学园都市中表面上的无能力者，当麻的右手其实寄宿着连上帝的奇迹都能抹杀的异能——“幻想杀手”，但也正因为这份力量似乎抹杀掉了神的祝福，导致他一直过着不幸的生活。茵蒂克丝声称，自己因脑中装载着十万三千本魔导书而正遭受魔法师的追杀。尽管当麻的右手能将一切异能之力无效化，但他也因此切实认定了少女口中“魔法”的存在。出于对自身处境的担忧，茵蒂克丝以危险为由离开了上条家。当麻如往日一般去学校学习，原本以为这只是一场短暂的荒诞奇遇，可放学回到家时，他却赫然发现茵蒂克丝已倒在一片血泊之中。在科学与魔术相互交织、碰撞的世界里，拥有抹杀一切奇迹之右手的少年，与掌握了十万三千本究极魔法书的少女，他们惊心动魄的故事就此拉开了帷幕。