TNT正式宣布，《末日孤舰》(The Last Ship) 第二季将于2015年6月21日周日晚震撼回归。本季共14集，比第一季多出三集，剧情张力和叙事格局将全面升级。惊人的事实曝光后，Chandler舰长和他的团队在巴尔的摩知晓了这个国家的命运，以及他们自己的命运。尽管遭遇了严重挫折，但他们毅然决定与地下抵抗组织联手，击败了自封为总统的Amy Granderson——她曾命令马里兰州警控制内森-詹姆斯号和病毒原始样本，并妄图仅用解药治疗所谓的「有用之人」，从而建立一个畸形的「完美社会」。此时，解药剂量已经所剩无几。被囚禁在Avocet的Rachel博士想方设法试图为患病者做些善事；与此同时，Slattery和内森-詹姆斯号的船员们必须争分夺秒地营救Tophet博士并重新夺回战舰的控制权。他们立下誓言：要确保每一个人都能获得解药——无论此人是否被认定为「有用之人」。随着剧情的深入，危机仍在蔓延。Rachel曾绝望地表示，一旦从卡拉腹中孩子身上提取出治愈药，卡拉以及内森-詹姆斯号上的所有人都会被灭口。千钧一发之际，舰长带领伙伴们展开了生死救援行动，与时间赛跑拯救受伤的Tophet博士并夺回战舰。随后，Rachel接到导师Dr. Hunter的电话，她眼含热泪地报告自己很健康地活着，并且已经成功研制出治疗恶性疾病的药物。怀揣着解药与希望，这艘孤舰驶向诺福克军港，以便船员们能够探查自己家人的生死。Chandler舰长将选择权交给了所有人——是继续航行还是留下，连他自己也陷入了艰难的抉择。而在暗流涌动中，两周前离开诺福克军港且经过特殊改造的美国海军平静号医务船引起了Rachel的强烈怀疑，更大的风暴似乎正在逼近……