2012年2月，东京铁塔上空突然出现了一颗巨大的数码蛋。 在太一一行人告别数码世界后，数码世界的大门并未就此向人类关闭。然而短暂的和平很快被打破，纷争再起，数码世界急需新的被选召的孩子来维护两个世界的安宁。随着太一、阿和、素娜等人升入初中，由于精力与时间有限，他们已无法像昔日那样与数码宝贝们并肩作战，阿武和小光由此成为了新一代的领头人。本宫大辅、井之上京、火田伊织等新一代被选召的孩子相继集结。除了亚古兽、加布兽等熟悉的伙伴外，全新的数码宝贝也加入了队伍。在第一代被选召孩子们的指引下，新一代数码宝贝守护者们踏上了对抗邪恶势力的全新征程。 这个世界充满了可能性。在眼前展现的这几个世界时而让人感到希望，有时又令人觉得无情。但是我们毫不犹豫地接受这些世界。因为那是通往新冒险之路的篇章，更是因为那是新的可能性的开始。 就在本宫大辅（20岁）与V仔兽修行拉面技艺的时候，他遇到了一位谜一样的青年。这位青年手中握着带有裂纹的数码器，身边却没有任何搭档数码兽。他向大辅缓缓道出自己的秘密：“我没有数码兽，我的搭档数码兽被我杀了。我是世界上最初和数码兽建立搭档关系的人类。” 伴随着迷之青年的登场，牵连着《数码宝贝》系列最初舞台“光丘”的往事浮出水面。从八神太一与妹妹八神光的出现开始，那份不可替代的羁绊再次被深刻展现。天使兽、甲龙兽、天鹰兽等怀旧数码宝贝相继亮相，帝王龙兽（龙模式）、妖精兽、噬光兽等也纷纷参战。面对前所未有的谜团与危机，新的数码宝贝与守护者们再次挺身而出，为了守护两个世界的和平与未来，迎接这场最初召唤的宿命之战……