1999年，那个充满不详气息的世纪之末。坐落在深山之中的私立华德斯坦学院，由于频频发生灵异事件而被外界称为“超自然学院”。随着老校长的离世，这所学府迎来了它年轻强势的新一任掌舵人——神代玛雅（日笠阳子 配音）。幼年时受父亲影响，玛雅本拥有丰富的超自然知识，但后来因父亲沉迷研究导致家庭破碎，她从此对超自然学说深恶痛绝。如今，这位绝对不相信超自然力量的强势少女重返校园，实则是为了调查父亲神代纯一郎的离奇死因。就在此时，玛雅意外遇见了一位名叫内田文明（水岛大宙 配音）的神秘男子。这个形迹可疑的男人刚一登场，便抛出了令玛雅震惊的言论：他自称是来自2012年的时空特务！他不仅拥有念力，更伪装成日本史教师“安倍实”潜伏在玛雅身边。这个可疑男子的话究竟能否相信？2012年的世界又面临着怎样可怕的景象？一连串的意外事件让玛雅逐渐接受了内田的说辞，而他从未来穿越回过去的真正目的也渐渐浮出水面。一场跨越时空的奇幻冒险，就此在世纪末的学园中拉开帷幕……