本应在新宿区政府过着平凡公务员生涯的宫古新，却被意外调遣至一个东京23区无人知晓的神秘部门——“夜间地域交流科”。 本该是朝九晚五的日常，却变成了专为解决各种妖怪引发的超自然事件而奔波的奇遇。他在入职考试中被暗中做了手脚，不仅被分配至此，更在未曾察觉的情况下觉醒了名为“砂之耳”的特殊能力，从此打破了原本对“非人者”存在的无神论认知。 在这里，他遇到了性格迥异的同事们：有着喜爱酒与女人的浪子过往，如今却对工作一丝不苟、背负着长达十年追查执念与内心丧失感的业务队长榊京一；以及容貌中性、出身英国，沉迷于古魔术书收集与对“另类生物”道具开发的研究狂人姬冢圣央。 此外，暗中推举宫古新入局的科长仙田礼二、融合英国系魔术与日本阴阳术的东京都厅职员狩野一悟，以及称呼新为“晴明”并总是纠缠着他的神秘另类生物韦韦科约特尔，都让这个隐秘的夜间世界变得愈发错综复杂。 每日与超越人类常识的存在打交道，宫古新与前辈们在夜色中穿梭于都市的阴影之间，在处理接连不断的异界事件中，日复一日地出勤，守护着人类与妖怪之间微妙的平衡。