为人聪明圆滑的韦小宝（陈小春 饰）刁钻聪敏，自小随母居于扬州妓院。因一次仗义相助，帮“反清复明”的组织天地会击退清兵，他稀里糊涂地接受了该组织的命令，潜入宫中做了一名未净身的假太监，准备伺机偷取藏有清朝秘密的《四十二章经》。偶然间，他结识了微服出巡的康熙皇帝（马浚伟 饰），两人惺惺相惜，结为莫逆之交。小宝更误打误撞被天地会总舵主暗中收为弟子，身负刺杀康熙的密令，令他左右为难。宫廷之内暗潮汹涌，权臣鳌拜欲篡位夺权；邪教组织神龙教不仅将真正的太后软禁，更派人假扮太后潜伏宫中十多年，目的同样是为了伺机盗取大清命脉的藏宝图。韦小宝凭借过人的机智，巧妙周旋于各方势力之间，一面帮着好兄弟康熙智擒鳌拜、救出太后，甚至施妙计令康熙与顺治父子团聚；一面又想着如何为天地会做事，挑拨神龙教内斗。然而，在义与利之间艰难取舍的同时，韦小宝也没忘风流快活。他巧遇少女阿珂（梁小冰 饰）后神魂颠倒，最终历经波折，先后有建宁、双儿、阿珂等七个如花似玉的女人投进他的怀抱，尽享齐人之福。不过，当这七位娇妻吃起醋、耍起泼来，也着实让他头疼不已。不久江山大统，康熙命小宝消灭天地会，小宝这才惊觉，康熙早已洞悉了自己的所有秘密……