在遥远的神话时代，冥王哈迪斯曾率领108位冥斗士向人类世界发起毁灭性的攻击，智慧女神雅典娜则率领圣斗士们奋起迎敌。连番苦战之后，哈迪斯及其军团战败，全部被雅典娜封印，而圣斗士也几乎损伤殆尽。
数千年后，女神的封印逐渐失去效力，古塔中的冥斗士重新蠢蠢欲动。复活后的哈迪斯及其冥斗士将魔爪伸向圣域，连番恶战之下，圣域几近毁灭。在此存亡之际，参透阿赖耶识的处女座圣斗士沙加与女神雅典娜毅然以活体闯入冥界。
与此同时，青铜五人组以女神之血修复了业已破损的圣衣，随后勇闯潘多拉城。战场就此移转至黑暗的冥界，一场绵亘了数千年的正邪大战，在最深沉的黑暗中轰然展开……
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