远古时代，黄帝战败群魔，其手中震裂成两截的宝剑化作两股剑气，化为朝云与暮云。与此同时，人间诞生了一对同名兄弟，却因战乱自幼失散。成年后，朝云成为飞羽军勇士，暮云则投身铜雀军，双方各为其主，互不知情，更在战场上刀兵相见。彼时，铜雀军将领淳于越暴虐无道，滥杀无辜，时常侵掠。飞羽军为保境安民，与之常有征战。朝云逐渐知晓身世真相后，努力以兄弟亲情救暮云于危难之中。他眼见战争导致民不聊生，痛心疾首，誓要还百姓安居之地。在部族少女耶亚希的帮助下，兄弟二人历尽艰险，克服种种困难，找到了象征正义的黄帝剑及精神力量，坚定了心中战胜邪恶、保卫和平的信念。最终兄弟同心，联手打败暴虐的淳于越，飞羽铜雀化剑为犁，消弭战火，保一方黎民平安。而在这宿命纠缠的背后，隐藏着更为深远的前因后果。当年兄弟二人决战，朝云胜而暮云败，轩辕剑气二合为一。朝云感受到了身为轩辕剑所需完成的夙愿，毅然前往山海界。在山海界的纷争中，为了化解天女仇恨、接受封印，他最终自尽变回原形轩辕剑，由夏柔带着轩辕剑利用盘古斧力量返回轩辕界，交予耶亚希。剑的传说，绵延永恒。