康熙十九年，清廷历时七年平定“三藩”叛乱并取得决定性胜利。康熙皇帝在养心殿大宴百官，群臣沉浸于期盼已久的太平之中，唯独施琅闷闷不乐。他起身奏请，国家尚未完全统一，此时庆祝为时尚早，并建议平叛军队全线东移，大兵压境解决台湾问题。然而，这一奏疏却遭群臣反对，施琅顿陷孤立。 康熙二十年，台湾局势风云突变。侍卫冯锡范与唐妃互相勾结，在台湾北园别馆制造骨肉相残的惨剧，同时挟持年幼的延平王郑克塽以控制大权。他们持海自固，多次拒绝清廷招抚和谈，阴谋“自立乾坤”。风雨飘摇之际，年迈的董太妃凛然宣布：“自立乾坤，分裂国土，我至死不为！若有再提自立乾坤者，杀无赦！” 与此同时，从台湾潜入京城的朱霖、阿鳗串小巷潜行至施琅府邸，匆匆交予施世伦一封信后便消失在夜幕中，当晚两人即被九门提督捕获。次日，午门贴出木榜告示，宣告明日将斩首台湾奸细朱霖、阿鳗。施琅闻讯十分震惊，毅然决定以内大臣身份强闯刑场。“台湾奸细案”与“施琅闯入刑场案”震动朝野，康熙皇帝发下谕旨，命贝勒奈溚、康亲王杰书为审理官在刑部审讯施琅。九月五日，施琅被押进刑部大堂，他大声呼喊暗通关节者并非自己，而是贝勒奈溚，并从怀中掏出两年前奈溚写给台湾冯锡范的亲笔书信，指证其允许台湾自立乾坤。康熙皇帝的突然驾临令满堂皆惊，他怒斥道：“谁敢分裂江山社稷，应和台湾自立乾坤者，此剑为例！”自此，施琅与奈溚结下私仇。 随后，施琅提出“因剿寓抚，以战逼和”的对台方略，得到李光地等朝廷重臣支持，康熙皇帝亦十分赏识，起用其为福建水师提督。施琅提请侍卫吴奇爵同行并陈述理由，康熙欣然允诺。施琅抵达福建上任，引起台湾冯锡范自立乾坤的主要追随者洪旭等人的惊恐，密议应对之策。数日后，刘国轩出征前往澎湖，准备以战争决胜负。 康熙二十一年三月，施琅在制定进取澎台的作战方案时，与福建总督姚启圣产生全面分歧。同年八月，康熙皇帝在“御门听政”早朝中，将“进军澎台”的专征权交予施琅。出征前夕，施琅将全家十几口少不更事的孩子分派至各条战船，以示破釜沉舟的征战决心。 康熙二十二年六月，施琅指挥三百多艘战船、三万多名将士从铜山港出发，乘南风之势进军澎湖。经过五个时辰的激烈决战，清军大获全胜。澎湖失守、水军覆没，台湾失去屏障，延平王召集百官商议去向。百官批驳了“血战到底”的主张及洪旭的“弃岛计划”，认同刘国轩“议和则保全，再战必覆灭”的观点。年幼的延平王郑克塽在关键时刻果断决定，由刘国轩负责与清廷议和。 八月十三日，施琅率精兵登陆鹿耳门，直抵龙亭；八月十五日，台湾归清的隆重典礼在孔庙门前广场举行，施琅宣谕康熙皇帝对台湾归顺的圣诏。八月二十二日，施琅拜谒郑成功祠，焚香顶礼，含泪祭告，神情怆然。 康熙二十二年十一月，台湾权力移交顺利完成，施琅及其船队凯旋厦门。郑克塽被清廷授予爵位，亲属亦被授予三品、四品官职，刘国轩则被授为天津总兵。 康熙二十三年四月，康熙下诏台湾设一府三县，并下令屯兵镇守，施琅继续留任福建水师提督。康熙三十五年二月，施琅病逝，享年七十六岁。